6月中旬，上海市财政局转发《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》和《财政部国家税务总局关于土地增值税普通标准住宅有关政策的通知》，两个通知构建起了上海市土地增值税清算管理体系。
7月上旬，小部分上市企业和大型开发企业收到区级财税部门的清算通知，引起市场一阵波动。按照《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》的通知，早在今年2月1日起就应该清算。自各开发商自查之后，始终未见动真格。此次部分开发商得到通知，但对如何清算心存疑惑。关于征收的流传版本也有很多。有的说各个区县可能会以不同方式征收。一开发商表示，目前在松江的项目暂听说不清算。有的说在售项目谁早卖光，谁先遭清算。还有的说因为上市公司财务报表很清楚，清算从这批公司开始。
分析人士认为，从现有上海市财政局发布的通知来看，仅是一个要求执行的通知，远远没有北京所出台的清算细则那么详细。根据上海市财政局向各区县税务局、各财税分局发布的通知称，本市房地产开发企业建造房屋出售的，暂统一按收入的1%预征土地增值税，对按本市有关规定建设并出售的配套商品房和中低价普通商品房暂不实行预征办法。与土地增值税暂行条例相比，即土地增值税实行四级超率累进税率，最低税率为30％，最高税率为60％。显然，1％的预征方式平抚了市场的恐慌心理。
虽然多数开发商没有收到清算通知，但早已将这一重大政策纳入实际操作层面。一开发商表示，现在在做可行性报告的时候，一般都将土地增值税纳入成本计算，有的是靠避税，增加扣除项来平衡。对开发商而言，是按照年度还是项目来征，以及起征的起始时间也很重要。
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